Lors de la sélection d'une membrane de transfert, le type de membrane et la taille des pores doivent être déterminés en fonction du poids moléculaire, de l'hydrophobie et d'autres caractéristiques de la protéine cible, ainsi que des exigences des applications en aval. La plupart des protéines peuvent utiliser des membranes avec une taille de pores de 0,45 µm, tandis que pour les protéines ou peptides de faible poids moléculaire (kDa), des membranes avec une taille de pores de 0,1 ou 0,2 µm sont recommandées. Les membranes PVDF sont un choix privilégié pour les protéines hydrophobes (telles que les protéines membranaires).
Différentes membranes nécessitent différentes étapes de prétraitement. Les membranes PVDF sont hautement hydrophobes et doivent être activées par mouillage avec du méthanol ou de l'éthanol avant immersion dans le tampon de transfert. Les membranes de nitrocellulose et de nylon peuvent généralement être équilibrées directement dans le tampon de transfert.
Les principales méthodes d'électrotransfert comprennent l'électrotransfert humide, l'électrotransfert semi-sec et l'électrotransfert sec. L'électrotransfert humide convient à une gamme plus large de poids moléculaires de protéines, tandis que l'électrotransfert semi-sec est plus rapide mais plus adapté aux petites molécules.
La concentration de méthanol dans le tampon de transfert affecte la liaison aux protéines et le retrait du gel. Le courant, la tension et le temps doivent être optimisés pour empêcher la pénétration des protéines à travers la membrane. Pour éviter que la membrane ne sèche lors des étapes suivantes, les membranes PVDF non utilisées doivent être scellées et stockées dans un endroit frais et sec.